连日来，台湾舆论也纷纷体现出对未来两岸关系的担忧。台湾《工商时报》社论指出，如果赖清德无法处理好两岸关系，未来四年台湾必定要过苦日子了。他领导的当局如果不能在心态上有新视野、实践上有新做法，两岸关系必然益加恶化，政党冲突必然更加严重。

《联合报》发表评论指出，赖清德的两岸政策论述将台湾人民“去民族化”“去文化化”，让缓解两岸敌意的契机尽失。两岸关系已在谷底盘旋8年，未来4年台湾民众恐怕还得“系好安全带”。

中国国民党前主席、中华青雁和平教育基金会董事长洪秀柱表示，赖清德与他的团队扯出一堆谎言，连自己中华民族的血脉都不承认。“一开始就谎话连篇，不值得信任，更无法信任。”

台湾淡江大学荣誉教授赵春山直言，相较于2016年蔡英文的就职谈话，赖清德此次是“严重倒退”。台湾淡江大学战略研究所副教授黄介正认为，赖清德的就职演说通篇都是“两国论”。

“赖清德不仅没正面回应中华民族概念，还把两岸关系定位成‘两国论’，无视两岸好不容易累积的善意。”台湾地区前领导人马英九21日在一场研讨会上呼吁，赖清德要以台湾民众福祉为念，放下意识形态，修正20日公开宣示的“新两国论”；要回到中华民族的共同历史、文化与认同，与大陆展开对话，才能让台海有真正和平的契机。

民众党主席柯文哲则表示，对于赖清德所提及的两岸关系部分，要看前三个月他如何做，民众党会扮演好监督的角色。此外，两岸交流可以增加善意，善意可以增加更多的交流，避免误解及擦枪走火。

评论指出，两岸民间仍有交流合作的意愿，目前唯一能做的，就是维持与恢复得之不易的民间交流，用民众的自发力量，把战争危机尽可能推远。

《中国时报》刊发题为《赖清德就职演说令人失望》的社论指出，赖清德和民进党当局仍沉浸在“国际社会会全力支持台湾对抗大陆”的幻想中。在这样的氛围之下，能期待两岸双向观光、陆生来台在短期内恢复吗？

岛内媒体人赵少康发文批评称，赖清德上任第一时间就极尽挑衅，口口声声说“和平无价”，但讲出来的话却都在引战而不是避战。这坐实了他就是“台独金孙”，从就职这一刻就直接不演了，台湾的未来更令人忧心。

麻豆囗交台湾TVBS于20日发布的最新民调就显示，53%的受访民众对新上任的民进党当局处理两岸关系没有信心。就在20日当天，开盘上涨的台北股市在赖清德发表讲话后盘势急转向下，旅行社类股成为重灾区。